Ингибиторы

Структура должна быть определена, а ее синтез должен быть воспроизводимым. Избегайте обычных токсичных фрагментов и фрагментов, мешающих анализу (PAINS). Аналогичным образом избегайте химически реактивных групп, если это не требуется, например, для значка стабильности ковалентного присоединения. Стабильность (чистота и химическая идентичность) должна сохраняться в соответствующих средах, обращая внимание на любую чувствительность к pH. Активность должна оставаться в культурных средах. Молекула не должна проявлять не-специфическую химическую активность (например, окислительно-восстановительные реакции или дестабилизацию мембраны).

IC50 и Ki являются наиболее распространенными способами обозначения эффективности ингибитора. В контексте ингибирования ферментов IC50 указывает концентрацию ингибитора, необходимую для снижения скорости ферментативной реакции на 50% в данных экспериментальных условиях. Ki обозначает отношение распада комплекса ингибитора-мишени (koff) к образованию комплекса ингибитора-мишени (kon) для связывания ингибитора с ферментом. Член Ki представляет собой константу термодинамического равновесия и, следовательно, является фиксированной величиной. IC50, с другой стороны, представляет собой проявление ингибирования при определенном наборе условий и будет меняться в зависимости от таких факторов, как концентрация субстрата, присутствующего в условиях реакции. В случае конкурентных ингибиторов IC50 может быть связана с Ki уравнением Ченг-Прусоффа: IC50=Ki*(1+[S]0/Km). Это полезный веб-инструмент для преобразования значений IC50 в значения Ki с использованием различных моделей связывания ингибиторов.

Profiling will define the selectivity for related targets, which is often a more critical factor than potency. Typically, in biochemical assays, a factor of >10-100-кратная эффективность воздействия на мишень в отношении других членов семьи определяет ингибитор как селективный в отношении этой мишени. Ингибиторы, предназначенные для избирательного воздействия на интересующую вас мишень, все же могут связывать другие белки в более высоких концентрациях. Важно знать о любых дополнительных действиях, связанных с определенным химическим классом. Эксперименты с отрицательным контролем могут быть разработаны, чтобы продемонстрировать, что ингибитор не изменяет эффективно функцию каких-либо нецелевых белков в концентрации, используемой для ингибирования желаемой мишени. Хорошо продуманный отрицательный контроль, такой как воздействие на клетки или белки только растворителя или замена близкородственных неактивных структурных аналогов, таких как стереоизомеры R/S, помогает подтвердить эффект ингибитора.

Механизм действия важен для дальнейшего определения природы ингибитора, чтобы определить, как природные субстраты в физиологических концентрациях будут модулировать эффективность ингибитора, и выявить любые уязвимости, связанные с этим механизмом. Потенциальные события ингибирования включают: Ингибитор связывает фермент, часто посредством ковалентного присоединения, что необратимо инактивирует его. Хотя необратимые ингибиторы обычно являются ковалентными, не-ковалентные ингибиторы иногда могут быть настолько долговечными, что действуют как необратимые ингибиторы.